직면한 가장 큰 문제는 지역 간 이해관계 충돌과 지역이기주의의 심화이다. 통합으로 행정과 재정 규모가 커졌지만, 각 지역은 예산과 공공기관, 주요 시설 및 개발사업을 자기 지역에 유치하려는 경쟁을 벌이고 있다.

광주와 전남의 중심지 및 농어촌 지역 사이에서 개발 우선순위와 자원 배분을 둘러싼 갈등이 발생할 수 있다.

특정 지역에 편중되지 않는 공정한 예산 배분과 권역별 균형발전 정책, 주민 간 소통과 협력이 시급히 필요하다.